解题思路：生态农业是一个农业生态经济复合系统，将农业生态系统同农业经济系统综合统一起来，以取得最大的生态经济整体效益．它也是农、林、牧、副、渔各业综合起来的大农业，又是农业生产、加工、销售综合起来，适应市场经济发展的现代农业．生态工程的基本原理有物质循环再生原理、物种多样性原理、协调与平衡原理、整体性原理和系统学和工程学原理．建立该人工生态系统的目的是实现对能量的多级利用，提高能量的利用率，减少环境污染．
A、作物“轮种”不仅能合理地利用各种矿质营养，还可避免某些害虫的大发生，符合生态学原理，A正确；
B、以作物秸秆作燃料发电，只能利用秸秆中极少量的能量，能量浪费严重，不能体现生态系统内物质和能量的多级利用，B错误；
C、充分利用各种生物固氮措施，尽量施用农家肥，减少化肥的施用，符合生态学原理，C正确；
D、应用以虫治虫、以菌治虫的措施，尽量减少甚至不使用有害农药，符合生态学原理，D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 生态农业工程．
考点点评： 本题主要考查学生的分析和理解能力．要注意：（1）生态工程实例的模式各具特色，关键是理解其中运用的主要生态工程原理．（2）进行生态工程建设时，应该积极利用自然生态系统强大的自我恢复力，节省投资．（3）生态工程的恢复作用是有限的，不能误认为只要有生态工程就可以走发达国家“先污染、破坏，后治理”的老路．