能不能利用一个多克隆位点表达两个基因

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囧,理论上可以的……但是没听说这么干的,因为毕竟质粒的大小也是有限制的,你多加了一个基因,可能质粒就过大,不稳定了.
一个基因能够完整转录的的条件是基因调控元件,启动子,编码序列,终止子.如果你在一个多克隆位点中插入两个完整的基因（启动子终止子都有）,转录的时候就会转录出两条mRNA,分别进行翻译.
至于你说的什么核糖体直接划过去,应该是构建融合蛋白,其实是一个蛋白质,但是含有两种蛋白各自的结构域.