电泳过程必须在一种支持介质中进行.Tiselius等在1937年进行的自由界面电泳没有固定支持介质,扩散和对流都比较强,影响分离效果.所以出现了固定支持介质的电泳,样品在固定的介质中进行电泳过程,减少了扩散和对流等干扰作用.最初的支持介质是滤纸和醋酸纤维素膜,目前这些介质在实验室已经应用得较少.在很长一段时间里,小分子物质如氨基酸、多肽、糖等通常用滤纸或纤维素、硅胶薄层平板为介质的电泳进行分离、分析,但目前则一般使用更灵敏的技术如HPLC等来进行分析.这些介质适合于分离小分子物质,操作简单、方便.但对于复杂的生物大分子则分离效果较差.凝胶作为支持介质的引入大大促进了电泳技术的发展,使电泳技术成为分析蛋白质、核酸等生物大分子的重要手段之一.刚开始使用的凝胶是淀粉凝胶,现在使用得最多的是琼脂糖凝胶和聚丙烯酰胺凝胶.蛋白质电泳主要使用聚丙烯酰胺凝胶.
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