解题思路：1、等位基因是指在一对同源染色体的同一位置上控制相对性状的基因．
2、基因分离定律的实质：在杂合子的细胞中，位于一对同源染色体上的等位基因，具有一定的独立性；生物体在进行减数分裂形成配子时，等位基因会随着同源染色体的分开而分离，分别进入到两个配子中，独立地随配子遗传给后代．
3、DNA分子结构的主要特点：DNA是由两条反向平行的脱氧核苷酸长链盘旋而成的双螺旋结构；DNA的外侧由脱氧核糖和磷酸交替连接构成的基本骨架，内侧是碱基通过氢键连接形成的碱基对，碱基之间的配对遵循碱基互补配对原则（A-T、C-G）．
A、控制朱红眼与深红眼的基因在同一条染色体上，不属于等位基因，A错误；
B、控制白眼与朱红眼的基因在同一条染色体上，遗传时不遵循着基因的分离定律，B错误；
C、该染色体上的基因在后代中不一定都能表现，如隐性基因，C错误；
D、染色体上的DNA分子是双螺旋结构，其中的碱基配对遵循碱基互补配对原则，因此该染色体上的碱基数A=T，G=C，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： DNA分子结构的主要特点；基因与DNA的关系．
考点点评： 本题结合科学家对果蝇一条染色体上的基因测定结果图解，考查DNA分子结构的主要特点、基因分离定律等知识，要求考生识记DNA分子结构的主要特点；识记等位基因的概念；识记基因分离定律的实质及应用范围．