解题思路：根据孟德尔的杂交实验可知，圆粒豌豆和皱粒豌豆形状的遗传遵循孟德尔的遗传定律，因此属于细胞核遗传．
DNA的中文名称为脱氧核糖核酸，基因是有遗传效应的DNA片段．
基因控制生物形状的途径：
（1）基因通过控制酶的合成来控制代谢过程，进而控制生物体的性状，如白化病等．
（2）基因还能通过控制蛋白质的结构直接控制生物体的性状，如镰刀型细胞贫血等．
基因突变是指DNA分子中发生碱基对的替换、增添和缺失，而引起的基因结构的改变．
A、豌豆的皱粒和圆粒为一对等位基因，位于一对同源染色体上，因此插入的外来DNA序列会随豌豆细胞核DNA分子的复制而复制，复制场所为细胞核，A错误；
B、根据基因的定义可知，基因是具有遗传效应的DNA片段，因此基因侧重于描述遗传物质的功能，DNA是脱氧核糖核酸的简称，侧重于化学组成的描述，B错误；
C、淀粉分支酶基因通过控制淀粉分支酶的合成，进而控制代谢过程，从而间接控制生物的性状，C错误；
D、插入的外来DNA序列虽然没有改变原DNA分子的基本结构（双螺旋结构），但是使淀粉分支酶基因的碱基序列发生了改变，因此从一定程度上使基因的结构发生了改变，由于该变异发生于基因的内部，因此该变异属于基因突变，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术；基因、蛋白质与性状的关系．
考点点评： 本题以皱粒豌豆的形成过程为载体，考查了基因的定义、基因突变以及基因控制生物形状等方面的知识，要求考生明确等位基因位于细胞核中的同源染色体上，进而确定淀粉分支酶的基因的位置；识记基因和基因突变的定义，再利用所学知识进行判断．