解题思路：本题主要考查了现代生物进化理论的内容．种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质是种群基因频率的改变．突变和基因重组，自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，通过它们的综合作用，种群产生分化，最终导致新物种形成．在这个过程中，突变和基因重组产生生物进化的原材料，自然选择使种群的基因频率定向改变并决定生物进化的方向，隔离是新物种形成的必要条件．
（1）X、Y湖独特的水温等无机环境被称为生境．
（2）种群是生物进化的基本单位．
（3）50年后，使X湖中P鱼的性状发生显著差异的内在因素是可遗传变异（或突变或基因突变或遗传物质的变化）．这种差异反映了遗传多样性．
（4）如果X、Y湖的自然条件维持不变，并且与其他湖泊之间的水体交换断绝，那么经过相当长时间后，X、Y湖中的P鱼之间可能会形成生殖隔离．到那时这些鱼之间的差异反映了物种多样性．
（5）假设X湖中50年前P鱼群体中基因型AA：Aa：aa的比例为1：2：l，则A的基因频率为[2+2/2+4+2]=0.5，a的基因频率为1-A=0.5．X湖水温从50年前的30～35℃逐年下降，至今已稳定保持在22～26℃，a基因表达为更适应较低温度，a的基因频率上升，ABCD四个选项中很明显D选项中的a的基因频率最大，故选D．
（6）如果若干年后，P鱼成为濒危物种，造成此结果的原因可能是A．环境污染、B．围湖造田、D．湖区开发为旅游区等，但不可能是C．人工养殖．
故答案为：
（1）生境
（2）种群
（3）可遗传变异（或突变或基因突变或遗传物质的变化） 遗传
（4）生殖 物种
（5）D
（6）C
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容；生物的多样性；物种的概念与形成．
考点点评： 本题主要考查学生对知识的记忆和理解能力．现代生物进化理论的主要内容是学习的重点知识．要注意辨析，种群基因频率改变意味着生物进化了，但不一定产生新的物种．新物种的产生必须要经过生殖隔离．生殖隔离的产生不一定要经过长期的地理隔离，如多倍体的形成．