解题思路：A、元素是具有相同核电荷数（即核内质子数）的同一类原子的总称；
B、具有相同质子数的原子一定属于同种元素，但微粒可能为原子、分子、离子等；
C、元素是具有相同核电荷数（即核内质子数）的同一类原子的总称；
D、若两种微粒是同种元素，则质子数一定相同；
A、同种元素具有相同的核电荷数（即核内质子数），电子数相同的微粒不一定是同一种元素，如K+和Ca2+，具有相同的电子数，但不是同种元素，故A错误；
B、具有相同质子数的原子一定属于同种元素，但微粒可能为原子、分子、离子等，如Na+、NH4+的质子数都是11，HF、Ne的质子数都是10，但不是同种元素，故B错误；
C、元素是具有相同核电荷数（即核内质子数）的同一类原子的总称，故若两种微粒只含一种元素，则这两种微粒的原子核中质子数一定相同，故C正确；
D、若两种微粒是同种元素，则质子数一定相同，故D错误；
故选：C．
点评：
本题考点： 元素的概念．
考点点评： 本题考查的概念较多，难度不大，注意基础知识的掌握．