由于木质素的结构复杂,目前完整的结论还没有最终得出,但对其基本的结构框架众多科研工作者已达成共识.一般认为木质素是由苯丙烷单元通过醚键和碳碳键连接而成的聚酚类三维网状高分子芳香族化合物,其中醚键约占60．75％,碳键约占25．30％.在植物体内,苯丙烷单元先组装成三种基本结构一一愈创木基结构、紫丁香基结构和对羟苯基结构.三种基本结构在植物体内的生物合成,首先是由葡萄糖发生芳环化反应形成莽草酸(Shikimic acid),然后由莽草酸合成上述三种木素的基本结构.最后再由这三种基本结构聚合形成植物体内分子量
更大的一些基本成分.