由于非姐妹染色单体交叉互换是基因连锁定律的实质,因此在不同的领域它有着不同的意义,首先,在对于后代的性状上,交叉互换有利于产生新的性状,但也要相对的来看,因为性状不一定是有利于生物进化的；
在育种工作中,人们根据育种目标选配杂交亲本时,必须考虑基因之间的连锁关系.如果几个有利性状的基因连锁在一起,这对育种工作就很有利
在医学实践中,人们可以利用基因的连锁和交换定律,来推测某种遗传病在胎儿中发生的可能性,最典型的例子是由于甲髌综合征的控制基因与血型控制基因在同一号染色体----8号染色体上,而由于这种遗传病是常常与A型血（AI）连在一起的,且重组率为10%,那么在对胎儿进行血型检查后通过计算交叉概率就可做出胎儿是否为甲髌综合征患者,适时为孕妇进行引产等