解题思路：平板划线法可获得单个菌落，但不能计数活菌数目；因洋葱鱗片叶内表皮为无色的，故高倍显微镜观察线粒体的实验可用洋葱鱗片叶内表皮做实验材料；血红蛋白提取和分离实验中透析的目的是去除小分子杂质；观察洋葱根尖细胞有丝分裂的实验中可用碱性染料醋酸洋红将DNA染色；温度过高时，会使果胶酶变性失活；用萃取法提取胡萝卜素的效率主要取决于萃取剂的性质和用量，其次还受到原料颗粒大小、紧密程度、含水量；温度、时间等条件的影响．
①平板划线法易获得单个菌落，但不能计数活菌数目，①错误．
②因洋葱鱗片叶内表皮为无色的，故高倍显微镜观察线粒体的实验可用洋葱鱗片叶内表皮做实验材料，②正确．
③血红蛋白提取和分离实验中透析的目的是去除小分子杂质，③正确．
④观察洋葱根尖细胞有丝分裂的实验中可用碱性染料醋酸洋红将DNA染色，④正确．
⑤温度过高时，会使果胶酶变性失活，⑤错误．
⑥用萃取法提取胡萝卜素的效率主要取决于萃取剂的性质和用量，其次还受到原料颗粒大小、紧密程度、含水量；温度、时间等条件的影响，⑥错误．
故选：C
点评：
本题考点： 观察线粒体和叶绿体；观察细胞的有丝分裂；测定某种微生物的数量；从生物材料中提取某些特定成分；蛋白质的提取和分离．
考点点评： 本题综合考查了相关实验的过程和注意事项，意在考查学生的应用和实验操作能力，试题难度中等．