解题思路：器官是由不同的组织按照一定的次序结合在一起构成的．据此作答．
A、番茄果肉属于营养组织，不是器官．A错误．
B、洋葱表皮属于保护组织，具有保护作用．B错误．
C、黄瓜叶表皮属于保护组织，具有保护作用．C错误．
D、玉米种子，是由保护组织、营养组织、输导组织、分生组织等不同的组织按照一定的次序结合在一起构成的一个器官，绿色开花植物体具有根、茎、叶、花、果实和种子六大器官．种子属于六大器官之一．D正确
故选D
点评：
本题考点： 绿色开花植物体的结构层次．
考点点评： 解答此题的关键是掌握器官的概念．