防止杂菌污染要考虑很多因素,比如说你发酵的目的菌种是好氧菌还是厌氧菌,你采用的发酵设备是什么类型的,你发酵的时程阶段是什么等等.
题目中说是大罐发酵,当然从源头上要做好准备工作,种子的制备过程、培养基、发酵设备（包括罐体、搅拌设备、空气过滤设备（如果需要通气的话）、各种检测的电极啥啥啥的）、中途补料统统都要严格灭菌.有些菌种生长非常快,也就是说比较有生长优势,不容易染菌（资源是有限的嘛）；有些菌种就比较容易染菌.还有就是设备什么的要严格检查,不能渗漏!
在发酵过程当中必然有很多的检测设备来控制发酵过程,比如pH、溶解氧、菌体浓度（可以是OD值之类的）、基质浓度……这些其实不仅是为了让菌体生长代谢受到控制,也可以作为是否染菌的指标.有些好氧杂菌一旦侵入,就会造成溶解氧的大幅下降.还有一些杂菌会产生一些独特的代谢物,使得pH或者其它指标异常突变.还是要观察罐体内的基质的颜色啊、味道啊、泡沫量啊.甚至可以取样来镜检或者培养来检验……这些都是经验了~
总之,我上面一段说的都是怎么发现染菌了,如果一旦染菌了,就要视情况而定.当你的发酵刚刚开始不久,染菌情况并不严重,而且培养基消耗很少的时候,可以再次灭菌重新接种（一切都还可以挽回）,如果培养基消耗比较多了,可以放掉一部分料液,灭菌后再重新接种.如果是连续发酵多罐发酵的话,可能得放弃了……
1楼回答的问题所在就是如果杂菌厌氧就行不通了,而且发酵过程显然不可能不考虑菌体的情况就“灌满水”呵呵~
楼主,偶是新手,你提得这个问题是我回答的第一个哈,如果满意的话可以考虑下给分~