不可以.
“往往”是表示程度的副词,在这里是“大多数的时候”的意思,并不是所有时候.此句意谓天空中有薄云的时候,天气大多数会是晴朗,但不一定每次都是晴朗的.把“往往”去掉的话,程度就不够了,句子的意思也发生变化,所以不能去掉.