（1）①②阶段是菜豆种子在萌发时，子叶里的营养物质直接提供给胚芽、胚轴和胚根利用；凡是活的细胞都能进行呼吸作用，萌发的种子也能进行呼吸作用，分解有机物，释放能量．
（2）⑤是种子的幼苗，能进行光合作用，把二氧化碳和水借助于光能合成有机物，并释放出氧的过程．
（3）移栽的幼苗时，由于根的吸水能力较弱，而蒸腾作用散失大量的水分．根部带一个土坨，为了保护幼根和根毛，提高根的吸水能力，提高成活率．为了提高成活率可采取的措施：选择在阴天移栽、傍晚移栽或剪去部分枝叶等
故答案为：（1）子叶呼吸（2）二氧化碳水（答案可前后调换）
（3）根毛（或幼根）选择在阴天移栽、傍晚移栽或剪去部分枝叶等（答案合理得分）