解题思路：线粒体是含有DNA的半自主的细胞器，是进行有氧呼吸和形成ATP的主要场所．有氧呼吸分三个阶段进行，每个阶段都需要酶的催化．在线粒体基质和嵴发生柠檬酸循环，在线粒体内膜，发生电子传递链．
A、线粒体为半自主细胞器，其内含有的蛋白质部分由细胞核基因控制合成，部分由线粒体DNA中的基因控制合成．故A正确．
B、葡萄糖不能进入线粒体，在线粒体中氧化分解的为丙酮酸等．故B错误．
C、线粒体中进行需氧呼吸的第三阶段在线粒体内膜，发生电子传递链．故C正确．
D、线粒体中进行需氧呼吸的第二阶段在线粒体基质和嵴发生柠檬酸循环．故D正确．
故选B．
点评：
本题考点： 线粒体、叶绿体的结构和功能．
考点点评： 本题考查了线粒体的结构和功能的相关内容，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力．