解题思路：分析实验现象：实验1和实验2中F2的分离比9：6：1是9：3：3：1的变式，由此可知，南瓜果形的遗传受2对等位基因控制，且遵循基因的自由组合定律．若由两对等位基因控制用A、a和B、b表示，可以进一步推测出：扁盘形基因型为A_B_，即有AABB、AABb、AaBB、AaBb；长形基因型为aabb；圆形基因型为A_bb和aaB_，即AAbb、Aabb、aaBB、aaBb．
A、实验1和实验2中，F1自交后代得F2中，扁盘：圆：长=9：6：1，分离比之和等于16，说明南瓜的果形遗传受两对等位基因控制，且遵循自由组合定律，A正确；
B、根据实验1中，F2中扁盘：圆：长=9：6：1可知，长形南瓜的基因型为aabb，扁盘南瓜的基因型为A B ，圆形南瓜的基因型有四种，即AAbb、Aabb、aaBB、aaBb，B正确；
C、实验2中，F2中扁盘：圆：长=9：6：1，则F1扁盘形为双杂合子AaBb，F2的扁盘形南瓜的基因型为A B ，其中AaBb所占比例为[2/3]×[2/3]=[4/9]，C正确；
D、实验2的F2中扁盘形南瓜A B 进行测交，即4AaBb×aabb→Aabb：aaBb：AaBb：aabb；2AaBB×aabb→AaBb：aaBb；AABb×aabb→AaBb：Aabb；1AABB×aabb→1AaBb．因此子代的表现型及比例为扁盘形（A B ）：圆形（A_bb和aaB_）：长形（aabb）=（1+1+1+1）：（1+1+1+1）：1=4：4：1，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因自由组合定律及应用，意在考查考生的识记能力和理解所学知识要点的能力；能用文字及数学方式等多种表达形式准确地描述生物学方面的内容的能力和计算能力．解答此类题时可以根据以下规律：即F1自交得F2中后代的分离比之和等于16，说明控制该性状的基因，符合自由组合定律，且F1一定为双杂合个体．