设计出来的引物末位碱基A可以自己去除吗

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可以的,但是你要删了后的话引物的退火和GC含量肯定会有相应的变化,同时也有可能会出现错配或发卡之类的结构,你可以在设计时把它删掉后在软件中重新查找下看看会不会有什么错配或发卡结构出现,如果没有就没问题.