解题思路：本题是对DNA分子多样性与特异性的考查．DNA分的多样性是指DNA分子中碱基对的排列顺序的千差万别，对于每一个DNA分子，其碱基对的排列顺序又是一定的，这又构成了DNA分子的特异性．
A、DNA分子的特异性是指每个DNA分子具有特定的碱基序列，与脱氧核苷酸链上磷酸和脱氧核糖的排列特点无关，A错误；
B、不同双链DNA分子中嘌呤总数与嘧啶总数的比值都是1，与DNA分子的特异性无关，B错误；
C、不同的DNA分子中碱基互补配对原则相同，A与T配对，G与C配对，与DNA分子的特异性无关，C错误；
D、DNA分子的特异性是由DNA分子的碱基排列顺序决定的，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： DNA分子的多样性和特异性．
考点点评： 本题的知识点是DNA分子的结构，DNA分子特异性与多样性，对DNA分子特异性与多样性的理解是解题的关键．