病原体可以用抗菌素处理,抗菌素分为杀菌型和抑菌型. 细菌通常与酵母菌及其他种类的真菌一起用于酦酵食物,例如在醋的传统制造过程中,就是利用空气中的醋酸菌（Acetobacter）使酒转变成醋.其他利用细菌制造的食品还有奶酪、泡菜、酱油、醋、酒、优格等.细菌也能够分泌多种抗生素,例如链霉素即是由链霉菌（Steptomyces）所分泌的. 细菌能降解多种有机化合物的能力也常被用来清除污染,称做生物复育（bioremediation ）.举例来说,科学家利用嗜甲烷菌（methanotroph）来分解美国佐治亚州的三氯乙烯和四氯乙烯污染. 细菌也对人类活动有很大的影响.一方面,细菌是许多疾病的病原体,包括肺结核、淋病、炭疽病、梅毒、鼠疫、砂眼等疾病都是由细菌所引发.然而,人类也时常利用细菌,例如奶酪及优格的制作、部分抗生素的制造、废水的处理等,都与细菌有关.在生物科技领域中,细菌有也着广泛的运用.大部分细菌是分解者,处在生物链的最底层.还有一部分细菌是消费者和生产者.比如硫细菌,铁细菌等,他们是化能合成异养型,属于生产者,可以利用无机物硫铁等制造自身需要的有机物.而根瘤菌则是消费者,它们与豆科植物互利共生,消耗豆科植物光合作用所生产的有机物,因此为消费者.当然,细菌最主要的作用还是分解者,如果没有细菌真菌等微生物,世界将是尸体的海洋.