大约从5000年的农业文明时代开始,人类的不合理活动对自然界的破坏开始加剧,毁林开荒、过度放牧使森林和草地等遭到了严重破坏,引起了水土流失、沙漠化,使生物多样性的丧失速度大大高于自然丧失速度.特别是18世纪以来,人类由农业文明跨入工业文明,伴随工业的发展和人口的急剧增长,人类对自然界的索取急剧增加,加上环境污染,使全世界范围内的生物多样性遭到了严重破坏,并以惊人的速度减少.全世界由于自然环境的破坏及滥捕滥猎,已使上千种野生动物灭绝.据估计,鸟类和哺乳动物的灭绝速度几乎要比过去快100～1000倍.人类活动造成的生物多样性丧失可以从下面几个方面来说明.
（1）栖息地的丧失和片断化.全球生态系统遭到严重破坏使很多生物失去栖息地.拥有50％物种的栖息地的热带雨林,比原有面积减少一半,大部分国家的森林均成片断化,被退化土地所围绕,损害了森林维持野生生物种群生存和重要生态过程的能力.中国的天然林被砍伐和形成片断化情况更为突出.
（2）掠夺式的过度利用.人口的增长,对生物资源无止境的索取,使生物资源严重破坏.大量的森林、鱼类和野生生物资源遭到过度采伐和滥捕滥猎,物种生存受威胁,有的达到了绝灭的程度.例如我国羚羊、野生鹿、珍贵毛皮动物和各种鱼类物种种群数量已大大减少.中国海域的经济鱼类资源在60年代已出现衰退现象,由于采捕过度,现在海洋渔获量大大下降,如大黄鱼等优质鱼,目前几乎不成渔汛.很多野生药用植物和珍贵的食用菌,由于长期人工采摘和挖掘,使其分布面积和种群数量大大减少.许多国家级保护动物成了人们的盘中餐,而搜寻珍稀商品（如象牙）和用作宠物、猎奇收藏品也危及了某些种群,同时使另一些种群惨遭灭绝.
（3）环境污染.城乡工农业污水排放,大气污染,重金属以及难以降解的化学品富集化,引起水域、大气和土壤污染.污染物的排放,已使生态系统忍受力和大气扩散能力负担过重.臭氧层的耗竭、酸雨和空气污染都对今天的生物多样性产生了重大的伤害.污染物沿着生态系统的食物链转移,使一些敏感物种种群数量减少或消失.我国受工业废弃物明显污染的农田达0.1亿公顷,约占农田总面积的10％,受农用化学物污染的面积也达0.1亿公顷.中国不少湖泊和河流被工业废水污染,使得某些水生生物消亡.
（4）农业和林业的品种单一化.在农业上为了达到更高的收获量,往往就种植单一的高产品种,这些作物在世界经济中占重要地位.随着作物种类数量降低,与之相应的固氮细菌、菌根、捕食生物、传粉和种子传播的生物以及一些在传统农业系统中几世纪共同进化的物种消失了,如印度尼西亚在过去15年内已有1500个水稻地方品种消失了.农业上品种的高度一致性对病虫害的爆发和其它灾害的发生缺乏抵御能力.林业上为了人类的需要往往毁去物种丰富的林地,种植单一树种,例如转变为咖啡、油棕和橡胶的种植园,使各类生物失去原有栖息地.
（5）外来种的引入.外来种的引入能够引起物种的灭绝,因为有些外来种常引起当地传统食物链和食物网的破坏,造成生态失衡.某些地区由于人类的定居,任意引入外来物种,特别是动物,往往导致整个或部分的陆生动、植物的灭绝.自从1600年以来,由于外来种的引入,全世界的两栖类和爬行类共有22个种灭绝；在新西兰,自1000年以来,青蛙和蜥蜴有9个种由于引入外来种而使之灭绝或接近灭绝,23个种和亚种的当地鸟类濒临灭绝.在具有极高特有种的非洲裂谷省的一些湖泊里,引进鱼种以使当地的土生种濒临灭绝；外来的蠓、蛇和其它引进动物,可能很快就会导致当地土生动物的灭绝；而引进的食草动物如羊、驯鹿等也会使土生的植物消灭.外来种还使土著植物灭绝,在菲律宾,由于引入猪、山羊和兔子,在1790～1840年间,有13个土著植物灭绝,包括两个特有种.在1992～1993年,相继在中国福建东山和厦门马峦湾发现一种双壳类沙筛贝,这个物种原产美洲,80年代首次在香港水域发现,目前,上述两处桩柱、浮筏和一切养殖设施表面几乎百分之百被它占据,把以往数量很大的藤壶、牡蛎等都排挤了,因争夺饵料,使养殖的菲律宾哈仔、翡翠贻贝等产量大幅度下降.再如,在80年代我国从英国和美国引进的大米草和互叶米草,在中国沿海滩涂种植,收到一定生态效益,但因繁殖迅速,与养殖业争夺场地,改变了原来的滩涂生物群落.不仅如此,外来种的引入还会导致原有生境的破坏,引起生态系统发生变化,因此对外来种的引入要考虑其可能发生的后果,要持慎重态度.
（6）全球气候变化.在未来的几十年中,空气污染的一个巨大的副效应——全球变暖——将对地球上的生命造成巨大的伤害.人类引起的大气中温室气体（主要是CO2和CH4等）的增加可能导致下一个世纪大气温度上升1～3℃,将会使陆地物种的忍受极限向极地转移125公里,或在山地垂直高度上上升150米.许多物种的现在分布可能跟不上预期的气候变化,一些物种可能消失,因此生态系统的结构和功能可能发生较大的变化.