解题思路：细胞器是一个同类生化反应的场所，但是细胞质基质也是生化反应的场所，本题要结合具体的反应具体分析．
A、有氧呼吸的第二阶段发生的反应产生二氧化碳，具体的是丙酮酸和水反应生成二氧化碳、还原氢和少量的能量，A正确；
B、胃蛋白酶的化学本质是蛋白质，是在核糖体上合成的，B正确；
C、信使RNA的合成主要在细胞核中形成的，细胞核不是细胞器，C错误
D、抗体的化学本质是蛋白质，是在核糖体上合成的，D正确；
故选：C．
点评：
本题考点： 线粒体、叶绿体的结构和功能；细胞器中其他器官的主要功能；遗传信息的转录和翻译．
考点点评： 细胞质基质是生命活动的主要场所，在复习的过程中不要只看见细胞器中的化学反应，也不能忽略细胞质基质中的化学反应．