主要还是靠酶.
各种多糖都可被不同微生物所产生的相应胞外酶水解成双糖或单糖.许多异养微生物都可分解淀粉（酵母菌的分解能力差）.能分解纤维素、半纤维素和果胶质的微生物,虽不像能分解淀粉的微生物那样广泛,但也有不少细菌、放线菌和真菌都有这种能力.至于能分解甲壳素、透明质酸和细菌细胞壁糖肽的微生物,则专化于少数的微生物种类.
糖类是异养微生物的主要碳素来源和能量来源,包括各种多糖、双糖和单糖.多糖必须在细胞外由相应的胞外酶水解,才能被吸收利用；双糖和单糖被微生物吸收后,立即进入分解途径,被降解成简单的含碳化合物,同时释放能量,供应细胞合成所需的碳源和能源.