解题思路：根瘤菌是一类需氧的异养细菌，能够固氮，在土壤中分布广泛．豆科植物幼苗长出后，土壤中与该种豆科植物相适应的根瘤菌就侵入到根内，在根内不断地繁殖，并且刺激根内的一些薄壁细胞分裂，进而使该处的组织逐渐膨大，形成根瘤．
A、不同的根瘤菌，各自只能侵入特定种类的豆科植物：有的根瘤菌只能侵入一种豆科植物，有的根瘤菌能侵入多种豆科植物，但不是所有豆科植物，故A错误；
B、根瘤内的根瘤菌与豆科植物互利共生：豆科植物通过光合作用制造的有机物，一部分供给根瘤菌；根瘤菌通过生物固氮把氮气合成氨，供给豆科植物，故B正确；
C、根瘤菌只有侵入到豆科植物的根内才能固氮，故C正确；
D、根瘤菌固定的氮素，即将大气中的氮还原成氨，占自然界生物固氮总量的绝大部分，故D正确．
故选：A．
点评：
本题考点： 种间关系．
考点点评： 本题考查生物固氮的相关知识，意在考查学生的识记和理解能力，难度中等．