解题思路：基因对性状的控制可通过控制酶的结构来控制代谢这程，从而控制生物的性状；也可通过控制蛋白质的分子结构来直接影响性状．
四种育种方法的比较如下表：
杂交育种
诱变育种
单倍体育种
多倍体育种
方法
杂交→自交→选优
辐射诱变、激光诱变、化学药剂处理
花药离体培养、秋水仙素诱导加倍
秋水仙素处理萌发的种子或幼苗
原理
基因重组
基因突变
染色体变异（染色体组先成倍减少，再加倍，得到纯种）
染色体变异（染色体组成倍增加）
（1）由于色素不是蛋白质，所以基因控制种皮的颜色玉米是通过控制酶的结构来控制代谢这程，从而控制生物的性状．
（2）方案一：让长果穗小粒和短果穗大粒两个玉米杂合子品种分别连续自交，可分别选育基因型为AAbb和aaBB的玉米品种进行杂交，即可得长果穗大粒AaBb品种．
方案二：让长果穗小粒和短果穗大粒两个玉米杂合子品种杂交，从子代中选择表现型为长果穗大粒的玉米品种连续自交，再选育出所需基因型的玉米品种．由于两对基因分别位于两对同源染色体上，所以遵循基因自由组合规律．
方案三：单倍体育种的优点是能迅速获得纯合体，加快育种进程．因此，通过单倍体育种方法可以在最短的时间内获得所需基因型的玉米品种．
故答案为：
（1）基因控制酶的合成
（2）方案一：AAbb和aaBB
方案二：长果穗大粒 基因重组
方案三：单倍体
点评：
本题考点： 杂交育种；基因与性状的关系；染色体组的概念、单倍体、二倍体、多倍体．
考点点评： 本题考查基因与性状关系和育种的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．