不是等位基因.
⑴：先从等位基因的概念上来看：控制相对性状的一对基因是等位基因.楼主可能是所学的“兔子的黄毛和白毛是相对性状”所以类比“朱红眼和深红眼是相对性状,所以是等位基因”这种类比很好.但从染色体上的基因的分布情况上来是这是错误的.为什么呢?请看⑵.
⑵：“朱红眼和深红眼”他们在同一条染色体上.不是等位基因.等位基因应该在同源染色体的相对的位置上.而且根据孟德尔第一遗传定律（分离定律）上说在形成配子时,等位基因相分离.而“朱红眼和深红眼”基因在同一染色体上在形成配子是不分开.所以不是等位基因也不是相对性状.
⑶：所以楼主只要看到2个基因在同一染色体上就不是等位基因.
打得好辛苦啊.希望能帮得上你