解题思路：本题主要考查叶绿体的结构和叶绿体的功能．
叶绿体是具有双层膜的细胞器，在内膜内有类囊体薄膜，分布着色素；
叶绿体是光合作用的场所，光反应发生在类囊体薄膜上，暗反应发生在叶绿体基质内．
A、叶绿素主要吸收蓝紫光和红光，类胡萝卜素主要吸收蓝紫光，叶绿素和类胡萝卜素基本不吸收绿光，所以叶子呈现绿色，A错误；
B、色素分布在类囊体薄膜上，B正确；
C、光照下叶绿体中的ATP来自于光反应，不来自于有氧呼吸，C错误；
D、在暗反应过程中，固定二氧化碳的物质是C5，一分子CO2被C5固定，产生两分子C3，暗反应不能直接将3个CO2分子合成一个三碳化合物，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 线粒体、叶绿体的结构和功能；光反应、暗反应过程的能量变化和物质变化．
考点点评： 本题考查了叶绿体结构和功能的之间的关系，意在考查考生能识记并理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力．