A、过滤时液面要低于滤纸的边缘,错误;
B、漏斗下端管口要紧靠烧杯内壁,以防液体溅出,正确;
C、玻璃棒要靠在三层滤纸的一边,以防戳破滤纸,达不到过滤目的,正确;
D、过滤时滤纸的边缘要低于漏斗口,正确.
故选A.