解题思路：果酒制作菌种是酵母菌，代谢类型是兼性厌氧型真菌，属于真核细胞，条件是18～25℃、前期需氧，后期不需氧．
果醋制作的菌种是醋酸菌，代谢类型是需氧型细菌，属于原核细胞，条件是30～35℃、一直需氧．
腐乳制作的菌种主要是毛霉，代谢类型是需氧型真菌，属于真核细胞，条件是15-18℃，一定湿度．
A、参与果酒、果醋和腐乳制作的微生物分别是酵母菌、醋酸（杆）菌、毛霉，其中醋酸杆菌是原核生物不含线粒体，A错误．
B、果酒制成后除需转移到温度较高环境外，还需醋酸杆菌且需在有氧环境中才可制作果醋，B错误．
C、腐乳制作过稃中发挥作用的微生物主要是毛霉，分泌的蛋白酶，能将蛋白质分解成小分子的肽和氨基酸，脂肪酶可将脂肪分解成甘油和脂肪酸，C正确．
D、在腐乳装瓶时自下而上随层数的增加逐渐增加盐量，接近瓶口表面的盐要铺厚一些，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 酒酵母制酒及乙酸菌由酒制醋；制作腐乳的科学原理及影响腐乳品质的条件．
考点点评： 本题考查果酒、果醋和腐乳制作的相关知识，意在考查考生能理解所学知识要点，把握知识间的内在联系的能力．