解题思路：将白色盘状南瓜与黄色球状南瓜杂交，F1全是白色盘状南瓜．说明白色相对于黄色为显性性状（用Y、y表示），盘状相对于球状为显性性状（用R、r表示），则亲本的基因型为YYRR×yyrr，F1的基因型为YyRr．
由以上分析可知，F1的基因型为YyRr，其自交所得F2的表现型及比例为白色盘状（Y_R_）：白色球状（Y_rr）：黄色盘状（yyR_）：黄色球状（yyrr）=9：3：3：1．F2中纯合白色球状南瓜占[1/16]，杂合黄色盘状南瓜占[2/16]，又已知F2中纯合白色球状南瓜有1000个，则F2中杂合黄色盘状南瓜的数目是2000个．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因自由组合定律的实质及应用，首先要求考生能根据题干信息准确判断两对相对性状的显隐性关系及亲本和F1的基因型；其次要求考生掌握基因自由组合定律的实质，能熟练运用逐对分析法进行简单的计算．