PCR扩增原则上对你模板要求不高,因此单纯降解对PCR结果影响不大,除非你做长PCR,或者进行多态分析（如RAPD）.但是你单纯用酚-氯仿抽提,可能会造成DNA里面蛋白、酚、氯仿和其他杂质较多,因此会影响PCR结果.因此建议你进行260/280,230／260分光光度计测定.如果比值异常,建议你对DNA进行纯化,纯化可以采用酒精沉淀方法进行.
目前大多数实验室已经很少用酚－氯仿抽提来进行DNA提取,除非实在是想节约经费.如果经费允许,可以使用试剂盒进行提取,目前国产试剂盒一个样品2-3元,进口约10-15元,效果很好.提取DNA进行PCR没有问题.