解题思路：育种的方法一般有：杂交育种、诱变育种、单倍体育种、多倍体育种、基因工程育种、植物体细胞杂交育种等，它们分别利用了基因重组、基因突变、染色体变异、染色体变异、基因重组、染色体变异的原理．在平时学习过程中要将无籽西瓜和无籽番茄的原理区分开，无籽西瓜属于单倍体育种，而无籽番茄是利用了秋水仙素促进果实发育的作用，过程中遗传物质并没有改变．
A、生长素能促进果实发育，该过程中无籽番茄的遗传物质没有发生变化，故A错误；
B、八倍体小黑麦由普通小麦（6N）和黑麦（2N）杂交后再用秋水仙素处理幼苗获得的，利用了染色体变异的原理，故B错误；
C、基因突变过程中有害变异多，有利变异少，故C错误；
D、抗虫棉的培育是利用了基因工程的方法，基因工程是利用了基因重组的原理，故D正确．
故选D．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术；生物变异的应用．
考点点评： 本题考查了有关育种的过程和原理的相关知识，意在考查考生识记并理解所学知识要点，把握知识间内在联系的能力．