孔子的时代,周王衰微,礼崩乐坏,《诗》、《书》也殊缺不全了.孔子探究夏、商、西周三代的礼仪制度,编定了《书传》的篇次,上起唐尧、虞舜之时,下至秦穆公,依照事情的先后,加以整理编排.孔子说：“夏代的礼仪制度我还能讲出来,只是夏的后代杞国没有留下足够证明这些的文献了.殷商的礼仪制度我也能讲出来,只是殷商的后宋国没有留下足够证明这些制度的文献了.如果杞、宋两国有足够的文献,我就能证明这些制度了.”孔子考察了殷代继承夏代对礼仪制度所作的增减之后说：“将来即使经过一百,那增减的也是可以预知的,因为一种是重视文采,另一种是重视朴实.周代的礼仪制度是在参照了夏代和殷代的基础上制定的,多么丰富多采呀,我主张用周代的礼仪”所以《书传》、《礼记》都是孔子编定的.
孔子曾对鲁国的乐官太师说：“音乐是可以通晓的.刚开始演奏的时候要互相配合一致,继续下去是节奏和谐,声音清晰,连续不断,这样直到整首乐曲演奏完成.”孔子又说：“我从卫国返回鲁国之后,就开始订正诗乐,使《雅》、《颂》都恢复了原来的曲调.”
古代留传下来的《诗》有三千多篇,到孔子时,他把重复的删掉了,选 取中合于义的用于礼义教化,最早的是追述殷始祖契、周始祖后稷,其次是叙述殷、周两代的兴盛,直到周幽王、周厉王的政治缺失,而开头的则是叙述男女夫妇关系和感情的诗篇,所以说：“《关睢》这一乐章作为《国风》的第一篇,《鹿鸣》作为《小雅》的第一篇；《文王》作为《大雅》的第一篇；《清庙》作为《颂》的第一篇”.三百零五篇诗孔子都能将演奏歌唱,以求合于《韶》、《武》、《雅》《颂》这些乐曲的音调.先王的乐制度从此才恢复旧观而得以称述,王道 完备了,孔子也完成了被称为“六艺”的《诗》、《书》、《乐》、《易》、《春秋》的编修.
孔子晚年喜欢钻研《周易》,他详细解释了《彖辞》、《锡辞》、《卦》、《文言》等.孔子读《周易》刻苦勤奋,以致把编穿书简的牛皮绳子也弄断了多次.他还说：“再让我多活几年,这样的话,我对《周易》的文辞和义理就能够充分掌握理解了.”
孔子用《诗》、《书》、《礼》、《乐》作教材教育弟子,就学的弟子大约在三千人,中能精通礼、乐、射、御、数、术这六种技艺的有七十二人.至于像颜浊邹那样的人,多方面受到孔子的教诲却没有正式入籍的弟子就更多了.
孔子教育弟子有四个方面：学问、言行、忠恕、信义.为弟子订四条禁律：不揣测、不武断、不固执、不自以为是.他认为应当特别谨慎处理的是：斋戒、战争、疾病.孔子很少谈到利,如果谈到,就与命运、仁德联系起来.他教育弟子的时候,不到人家真正遇到困难,烦闷发急的时候,不去启发开导他.他出一个道理,弟子不能触类旁通地推演出似的道理,他就不再重复讲述了.
孔子在自己的乡里,谦恭得像个不善言谈的人.他在宗庙祭祀和朝廷议政这些场合,却能言善辩,言辞明晰而又通达,然而又很恭谨小心.上朝时,与上大夫交谈,态度和悦,中正自然；与下大夫交谈,就显得和乐安详了了.
孔子进入国君的公门,低头弯腰,恭敬谨慎,进门后急行而前,恭有礼.国命他迎接宾客,容色庄重认真.国君召见他,不等待车驾备好,就动身起行.
鱼不新鲜,肉有变味,或不按规矩切割,孔子不吃.席位不正,不就坐.在有丧事的人旁边吃饭,从来没有吃饱过.
在一天内哭泣过,就不会再歌唱.看见穿孝服的人和盲人,即使是是个小孩,也必定改变面容以示同情.
孔子说：“三个人同行,中心有可做我老师的.”又说：“不去修明道德,不去探求学业,听到正直的道理又不前往学习,对缺点错误又不能改正,这些是我是忧虑提心的问题.”孔子请人唱歌,要是唱得好,就请人再唱一遍,然后自己也和唱起来.
孔子不谈论怪异、暴力、鬼神的事情.
子贡说：“老师在文献方面的成绩很显著,我们是知道的.老师讲论有关天道与人的命运的深微见解我们就不知道了.”颜渊感慨地长叹一声说：“我越是仰慕老师的学问,越得它无比崇高,越是钻研探讨,越觉得它坚实深厚.看见它是在前面,忽然间又在后面了.老师善于循序渐进地诱导人,用典籍来丰富我的知识,用礼仪来规范我的言行,使我想停止学习都不可能.已经竭尽了我的才力,我现在也好像有所建树,但老师的学问却依然高立在我的面前.虽然我也想追赶上去,但是不可能追得上.”达巷这个地方的人对我说：“伟大啊孔子,他博学多才却不专一名家.”孔子听了这话之后说：“我要专于什么呢?是专于驾车?还是专于射箭?我看还是专于驾车吧.”子牢说：“老师曾说：‘我没有被世所用,所以才学会了这许多的技艺’.”
鲁哀公十四年（前481）的春天,在大野这个地方狩猎.给叔孙氏驾车的商猎获了一头怪兽,他们以为这是不祥之兆.孔子看了后说：“这是麒麟.”于是便将它取走了.孔子说：“黄河上再不见神龙负图出现,洛水上再不见神龟负洛书出现,我也就快要完啦!”渊死了,孔子说：“这是老天要我死呀!”等到他西去大野狩猎见到麒麟,说：“我的主张到尽头了!”感慨地说：“没有人能了解我了!”子贡说：“为什么说没有人了解您?”孔子回答说：“我不抱怨天,也不怪罪人,下学人事,上通天理,能了解我的,只有上天了吧!”
孔子说：“不降低自己的志向,不使自己的人格受到侮辱,只有伯夷、叔齐丙人吧!”又说：“柳下惠、少连降低了自己的志向,使人格受到了侮辱”.又说“虞仲、夷逸隐居,不言世务,行为合干清高纯洁,自我废弃合于权变“.又说：”我就跟他们不同了,既不降志辱身以求进取,也不隐居避世脱离尘俗,没有绝对的可以,也没有绝对的不可以”.
孔子说：“不成啊,不成啊!君子最提忧的就是死后没有留下好的名声.我的主张不能实行,我用什么贡献给社会留下好名呢?”于是就根据鲁国的史书作了《春秋》,上起鲁隐公元年（前722）,下止鲁哀公十四年（前481）,共包 括鲁国十二个国君.以鲁国为中心记述,尊奉周王室为正统,以殷商的旧为借鉴,推而上承夏、商、周在法统,文辞简约而旨意广博.所以吴、楚的国自称为王的,在《春秋》中仍贬称为子爵；晋文公在践土与诸侯会盟,实际上是召周襄王入会的,而《春秋》中却避讳说“周天子巡狩来到到河阳”.依此类推,《春秋》就是用这一原则,来褒贬当时的各种事件,后有的国君加以称推广开来,使《春秋》的义法在天下通行,天下那些乱臣奸贼就都害怕起来了.
孔子任司寇审理诉讼案件时,文辞上有可与别人商的时候,他从不独自决断.到了写《春秋》时就不同了,应该写的一定写上去,应当删的一定删掉,就连子夏这些长于文字的弟子,一句话也不能给他增删.弟子们学习《春秋》, 孔子说：“后人了解我将因为《春秋》,后人怪罪我也将因为《春秋》.”
第二天,子路死在卫国.孔子生病了,子贡请求看望他.孔子正拄着拐杖在口修闲散步,说：“赐,你为什么来得这样迟啊?”孔子于是就叹息,随即唱道：“泰山要倒了!梁柱要断了,哲人要死了!”他边唱边流下了眼泪.对子贡说：“天下失去常道已经很久了,没有人能奉我的主张.夏人死了停棺在东厢的台阶,周人死了停棺在西厢的台阶,殷人死了停棺在堂屋的两柱之间.昨天晚上我梦见自己坐在两柱之间受人祭奠,我原本就是殷商人啊.”过了七天孔子就死了.
孔子享年七十三岁,死在鲁哀公十六年（前479）四月的己丑日.
鲁哀公为他作了一篇悼词说：“老天爷不仁慈,不肯留下这位老人,使他扔下我,孤零零一人在位,我孤独而又伤痛.啊!多么痛!尼父啊,没有人可以作为我学习的楷模了!”子贡说：“鲁君他难道不能终老在鲁国吗?老师的话说：‘法丧失就会昏乱,名分丧失就会产生过失.丧失了意志就会昏乱,失去所宜就会出现过错.’老师活着的时候不能用他,死了作祭文哀悼他,这是不合礼的.以诸侯身份称‘余一人’,是不合名分的啊.”
孔子死后葬在鲁城北面的泗水岸边,弟子们都在心里为他服丧三年.三年心丧完毕,大家道别离去时,都相对而哭,又各尽哀；有的就又留了下来.只有子贡在墓旁搭子一间小房住下,守墓总共六年,然后才离去.弟子及鲁国他人,相率前往墓旁居住的一百多家.因而就把这里命名为“孔里”.鲁国世世代代相传,每年都定时到孔子墓前祭拜,而儒生们也在这时来这里讲习礼仪,行乡学业考校的饮酒礼,以及比射等仪式.孔子的墓地有一顷大.孔子故居的堂屋以及弟子们所居住的内室,后来就改成庙,借以收藏孔子生前穿过的衣服,戴过的帽子,使用过的琴、车子、书籍等,直到汉代,二百多年间没有废弃.高皇帝高皇帝刘邦经过鲁地,用牛羊猪三牲俱全的太牢祭祀孔子.诸侯、卿大夫、宰相一到任,常是先去拜谒孔子墓,然后才去就职处理政务.