解题思路：染色体变异是指染色体结构和数目的改变．染色体结构的变异主要有缺失、重复、倒位、易位四种类型．染色体数目变异可以分为两类：一类是细胞内个别染色体的增加或减少，另一类是细胞内染色体数目以染色体组的形式成倍地增加或减少．
①非同源染色体的自由组合发生在减数第一次分裂后期，属于自由组合；
②染色体上DNA碱基对的改变，导致基因的结构改变，属于基因突变；
③花药离体培养后长成的植株细胞核中染色体数目减半，属于染色体数目以染色体组的形式成倍地减少；
④非姐妹染色单体之间相应部位的交叉互换发生在减数第一次分裂的四分体时期，属于基因重组．
所以不属于染色体数目变异的是①②④．
故选：C．
点评：
本题考点： 染色体数目的变异．
考点点评： 本题考查染色体变异的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题的能力．