a complete understanding of the mechanisms by which these assemblies achieve their function requires atomic structures of these assemblies captured at each step in the process that they facilitate
结构分析很容易的,不过assemblies 和captured二词的准确意义没有上下文不是很容准确把握.前者的字面意义是某种分子或原子聚集体,我猜测可能是酶中活性部位,后者可理解为获得gain.楼主可根据上下文准确判断二者含义.
主语：a complete understanding of the mechanisms
谓语：requires
宾语：atomic structures of these assemblies
要充分理解这些活性部位的作用机制需要知道它们在催化过程的每一步骤中所呈现的原子排列方式（或译为分子结构）.
直译为原子结构不当,汉语中该词表示原子内部结构.上文中催化一词可能需要根据assemblies 的准确意义做适当调整.
本句直译比较困难,如果是直译大致为：
充分理解这些聚集体实现其功能的机制,需要知道它们在其所促进的过程的每一步骤中所取得的原子结构.