A、第5s末到第6s初是同一个时刻，所以A错误；
B、时刻是时间点，并不是说很短的时间，所以B错误；
C、位移和路程是两个不同的物理量，它们不会相等，只有在单向直线运动中，位移的大小才和路程相等，所以C错误；
D、位移的大小等于物体初末位置间的距离，路程是运动轨迹的长度，所以物体位移的大小总是小于或等于路程，所以D正确．
故选：D．
A、第5s末到第6s初是同一个时刻，所以A错误；
B、时刻是时间点，并不是说很短的时间，所以B错误；
C、位移和路程是两个不同的物理量，它们不会相等，只有在单向直线运动中，位移的大小才和路程相等，所以C错误；
D、位移的大小等于物体初末位置间的距离，路程是运动轨迹的长度，所以物体位移的大小总是小于或等于路程，所以D正确．
故选：D．