A、生物的分类等级从大到小依次是界、门、纲、目、科、属、种．所属的等级越小，生物的亲缘关系越近，共同特征越多，等级越大，亲缘关系越远，共同特征越少，其中种是最基本的单位，同种的生物亲缘关系最近．故A正确．
B、生物的分类单位从小到大依次是：种、属、科、目、纲、门、界，故B正确；
C、生物的各种特征是由基因控制的：生物种类的多样性实质上是基因的多样性，故C正确；
D、生态系统指由生物群落与无机环境构成的统一整体．生态系统的范围可大可小，相互交错，一所学校就能成为一个生态系统，故D错误．
故选：D．