解题思路：根据物质是由元素组成的，是由分子、原子、离子构成的．有些物质或粒子看起来非常相似，但由于组成或构成上的不同，性质上却有很大的差异进行解答．
（1）金刚石和石墨都是由碳元素组成的单质，但由于它们碳原子的排列方式不同，它们的物理性质又有很大的差异；故答案为：排列；
（2）一个水分子是由一个氧原子和两个氢原子构成的．而一个过氧化氢分子是由两个氧原子和两个氢原子构成的．故答案为：构成；
（3）碳原子和氧原子中核内质子数不同，所以原子的种类不同；故答案为：种类；
（4）一个氧分子是由两个氧原子构成的．而一个臭氧分子是由三个氧原子构成的．故答案为：构成．
点评：
本题考点： 碳元素组成的单质；分子的定义与分子的特性；元素的概念．
考点点评： 本道题从宏观和微观两方面考查了造成上述各组物质性质不同的原因．剖析了一些看起来非常相似的不同物质的内在差异．