解题思路：能量流动的特点是单向流动逐级递减； 图中生产者、初级消费者、次级消费者的能量分别是8690KJ、142KJ、12KJ．
A、图中有生产者、初级消费者、次级消费者共四个营养级，A错误；
B、图中第一、第二、第2营养级的能量分别是大6fkKJ、1l2KJ、12KJ，所以第一营养级到第二营养级的能量传递效率为1l2÷大6fk=1.6%，第二营养级到第2营养级的能量传递效率为12÷1l2=大.5%，B错误；
C、该水域受到酱油厂废水的污染后，导致水体污染，生产者的数量可能会明显的减下，C错误；
D、调查该群落中浮游生物的种类及数量，由于浮游生物的活动范围比较小，一般用样方法，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 生态系统的功能；估算种群密度的方法；生态系统的结构．
考点点评： 本题考查物生态系统的结构和功能、估算种群密度的方法的相关知识点，意在考查学生对所学知识的理解与掌握程度，培养了学生分析题意、获取信息、解决问题的能力．