解题思路：多肽链是由氨基酸经过脱水缩合反应生成的，根据反应前后元素数目守恒关系列出关系式，可以计算出肽链中不同氨基酸的个数．
A、分析图示可知，该蛋白质的肽链有两条，一条是30个氨基酸形成的，另一条是21个氨基酸形成的，相当于51个氨基酸形成两条肽链，形成的肽键数：51-2=49，A错误；
B、寻找R基的方法是，找肽链中的氨基残基和羧基残基，它们相连的C原子上除了一个H之外，剩下的就是R基，图乙中含有的R基是②④⑥⑧，B错误；
C、从图乙可看出该部分肽链含有2个游离的羧基，而该蛋白质的肽链有两条，每条肽链都至少含有一个游离羧基在肽链一端，所以该蛋白质至少含有4个游离的羧基，C正确；
D、蛋白质的分子量=总质量-脱去水的质量-二硫键中脱去H的质量=51×128-49×18-2×2=5642，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合．
考点点评： 本题的知识点是氨基酸脱水缩合反应过程，根据氨基酸的脱水缩合反应，形成的肽键数即为脱去的水分子数，形成一个二硫键脱去两个H．