解题思路：蛋白质工程和基因工程的关系
蛋白质工程
基因工程
区别
过程
预期蛋白质功能→设计预期的蛋白质结构→推测应有的氨基酸序列→找到相对应的脱氧核苷酸序列
获取目的基因→构建基因表达载体→将目的基因导入受体细胞→目的基因的检测与鉴定
实质
定向改造或生产人类所需的蛋白质
定向改造生物的遗传特性，以获得人类所需的生物类型或生物产品
结果
可产生自然界没有的蛋白质
只能生产自然界已有的蛋白质
联系
（1）蛋白质工程是在基因工程基础上延伸出来的第二代基因工程（2）基因工程中所利用的某些酶需要通过蛋白质进行修饰、改造
①基因工程能按照人们的意愿定向改造生物的性状，①正确；
②基因工程所用的工具酶是限制酶和DNA连接酶，载体不是酶，②错误；
③蛋白质中的氨基酸序列可为合成目的基因提供依据，③正确；
④限制酶用于获取目的基因和切割运载体，④错误；
⑤重组质粒的形成是在细胞外完成的，⑤错误；
⑥目的基因进入受体细胞后不一定能成功实现表达，⑥错误；
⑦基因工程的原理是基因重组，⑦正确；
⑧作为基因工程的运载体，需要限制酶切割位点、标记基因等条件，而天然质粒不会同时具有这些条件，需要经过人工改造后才能用于基因工程，⑧错误；
⑨蛋白质工程是在基因工程基础上延伸出来的第二代基因工程，能生产自然界中不存在的蛋白质，⑨正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术；蛋白质工程．
考点点评： 本题考查了基因工程和蛋白质工程的相关知识，考生要能够识记基因工程的原理和技术；能够区分基因工程的工具和工具酶；能够区分基因工程和蛋白质工程获得的蛋白质；明确质粒作为运载体需要具备的条件．