生物修复的概念主要从三方面来解释：
2.1 根据直接参与污染物生物降解和转化的生物类型有广义和狭义之分.广义生物修复中直接参与污染物生物降解和转化的生物类型包括微生物、植物和动物；狭义生物修复中直接参与污染物生物降解和转化的生物类型是微生物,因为无论是有机污染物还是无机污染物的降解和转化,微生物都起了重要作用,并且在自然界物质循环过程中微生物的作用最大.目前人们所谓的生物修复主要指狭义生物修复.此外,在污染土壤治理中,植物生物修复的研究进展也很迅速.我们相信,随着人们对植物和动物在污染物生物降解和转化作用研究的进一步深入,植物生物修复和动物生物修复的概念也会像微生物生物修复一样会更加明朗化.
2.2 根据人为干预与否有生物自净功能生物修复和强化生物净化功能生物修复之分.生物自净功能生物修复,主要指生物在污染环境中的生物自净作用,这一生物修复过程的速度与生物本身的自净能力和受污染环境的环境要素有关；强化生物净化功能生物修复,系指人为因素强化受污染环境的理化性质和生物降解性能,加快受污染环境的改善甚至恢复的速度.目前人们所谓的生物修复主要指强化生物净化功能生物修复.
2.3 根据实施的场所不同有原位生物修复和易位生物修复之分,必要时原位生物修复和易位生物修复联合起作用.养殖水域环境由于其特殊性在进行污染生物修复时常采用原位生物修复.
3 生物修复和生态恢复
近年来,生态学的分支学科——恢复生态学逐渐得到发展,与之相应的“生态恢复”也出现了不同的概念,国际恢复生态学会的最终定义是：生态恢复是帮助研究生态整合性的恢复和管理过程的科学,生态整合性包括生物多样性、生态过程和结构、区域及历史情况、可持续的社会实践等广泛的范围.生物修复和生态恢复是两个既有区别又有联系的概念.
3.1 成因不同 生物修复的概念是由于环境污染的加剧逐渐发展的；生态恢复的概念主要是由于生态破坏产生的,当然,环境污染也会影响生态系统各个层次的结构、功能和动态,进而导致生态系统退化.
3.2 研究对象不同 生物修复的研究对象是受污染场地；生态恢复的研究对象是生态系统.
3.3 最终结果不同 简单地讲,生物修复的最终结果是去除或降低受污染场地的污染物,而生态恢复的最终结果是得到结构合理和功能稳定的生态系统.
3.4 实施场所不同 生物修复可在原位或易位后进行,而生态恢复只能在原位进行.
3.5 是实现可持续发展的重要手段 环境保护是实施可持续发展的关键,生物修复和生态恢复分别是治理环境污染和恢复生态的重要方法和过程,因此,生物修复和生态恢复是实现可持续发展的重要手段.