解题思路：1、DNA分子中A-T碱基对之间的氢键是2个，G-C碱基对之间的氢键是3个；
2、由于密码子具有简并性，基因突变后，控制合成的蛋白质可能不发生变化，性状可能不变；
3、基因突变具有不定向性．
A、由题意知，某基因发生了一个碱基对的变化，导致氢键总数减少了一个，可能是碱基对发生了替换，可能是A-T碱基对替换了G-C碱基对，A错误；
B、由于密码子具有简并性，基因突变后，基因控制合成的蛋白质的结构不一定发生改变，B错误；
C、由A分析知，C错误；
D、突变后的密码子可能变成了终止密码子，使翻译过程提前终止，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因突变的特征．
考点点评： 本题旨在考查学生理解所学知识要点，把握知识的内在联系，并结合相关知识对某些生物学问题进行解释、推理、判断、获取正确结论的能力．