解题思路：基因突变指DNA分子中发生碱基对的替换、增添、缺失，而引起基因结构的改变．
现代生物进化理论：种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质是种群基因频率的改变．突变和基因重组，自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，突变和基因重组产生生物进化的原材料，自然选择使种群的基因频率定向改变并决定生物进化的方向，隔离是新物种形成的必要条件．
A、DNA分子复制时发生碱基对的缺失就会引起基因突变，A错误；
B、杂交育种过程中，通过不断自交、筛选和淘汰，可以改变种群的基因库，但还是原来的物种，B错误；
C、自然选择可以定向改变种群的基因频率，因此可以决定生物进化的方向，C正确；
D、突变和基因重组引起的变异是不定向的，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容；基因突变的特征；杂交育种；物种的概念与形成．
考点点评： 本题考查生物变异与进化，要求学生理解变异与进化以及新物种形成的关系．