解题思路：现代进化理论的基本内容是：①进化是以种群为基本单位，进化的实质是种群的基因频率的改变．②突变和基因重组产生进化的原材料．③自然选择决定生物进化的方向．④隔离导致物种形成．
A、生物进化的实质是种群的基因频率的改变，A正确；
B、在自然选择过程中，直接接受选择的是生物的表现型，不适应的会被淘汰，B正确；
C、同一物种不同种群的个体之间没有生殖隔离，如消除了地理隔离，可以有基因的交流，C正确；
D、并非所有新物种的形成都要经过长期的地理隔离，才产生生殖隔离，如人工诱导多倍体的生成，D正确．
故选：ABCD．
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容．
考点点评： 本题考查生物进化的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．