首先你要明白，什么时候用which/that /who，而什么时候用where。如果先行词在从句中做主语表语宾语，也就是说它相当于一个名词或代词，就用关系代词，which/that/who。而如果现行词在从句中做状语，也就是相当于一个副词的作用，就用关系副词when/where。如果从句中不缺主谓宾表成分就要考虑用关系副词。就像你这句，这个game software，实在定语从句中做状语，翻译为“在那个电脑游戏中， the story is the main emphasis”
“the story is the main emphasis”主系表结构不缺主要成分，就是要考虑副词的。这里的where也可以换成in which。如果换句话说，就是，In the computer game software， the story is the main emphasis。然后改为定语从句a visual novel is a computer game software ，in which the story is the main emphasis。然后介词加关系代词可以被关系副词代替，就成了你说的这句了。你可以去仔细品味一下英语的五种基本句型，和各种词性的用法等。希望可以帮到你。