李时珍采用的是以纲挈目的方法,将《本草经》以下历代本草的各种药物资料,重新进行剖析整理,使近200万字的本草巨著体例严谨,层次分明,重点突出,内容详备.
李时珍在植物学方面所创造的人为分类方法,是一种按照实用与形态等相似的植物,将其归之于各类,并按层次逐级分类的科学方法.李时珍将一千多种植物,据其经济用途与体态、习性和内含物的不同,先把大同类物质向上归为五部（即草、目、菜、果、谷为纲）,部下又分成30类（如草部9类、木部6类、菜、果部各7类、谷5类是为目）,再向下分成若干种.他不仅提示了植物之间的亲缘关系,而且还统一了许多植物的命名方法.