解题思路：DNA是由两条反向平行的脱氧核苷酸长链盘旋而成的双螺旋结构，其外侧由脱氧核糖和磷酸交替连结构成基本骨架，内侧是碱基通过氢键连接形成的碱基对，碱基之间的配对遵循碱基互补配对原则，即A-T、C-G．
A、同源染色体上为等位基因时，其碱基序列不同，A错误；
B、同源染色体上为等位基因时，由于等位基因是基因突变形成的，而基因突变是指DNA中碱基对的增添、缺失和替换，因此碱基数目也不一定相同，B错误；
C、所以DNA都含有四种碱基，即A、C、G、T，C正确；
D、不同双链DNA分中[A+C/T+G]或[A+G/T+C]的比值均相同，但[A+T/C+G]的比值一般不同，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： DNA分子结构的主要特点．
考点点评： 本题考查DNA分子结构的主要特点，要求考生识记DNA分子结构的主要特点，掌握碱基互补配对原则的应用，能对选项作出准确的判断，属于考纲识记层次的考查．