解题思路：由题意可知，显性性状表现型的频率是0.36，即AA+Aa=0.36，因此aa=0.64，由于该种群随机交配，且种群数量足够大，因此在遗传过程中遵循哈代温伯格平衡公式，aa=0.64，所以a的基因频率为：a=0.8，则A的基因频率是：A=1-0.8=0.2．
A、由哈代温伯格平衡公式可知，该种群一代后杂合子Aa的基因型频率是Aa=2×0.8×0.2=0.32，A正确；
B、由题意可知，A=0.2，a=0.8，因此显性基因的基因频率小于隐性基因的基因频率，B错误；
C、新物种形成的标志是生殖隔离，该种群基因库中的基因频率发生变化，说明生物发生了进化，但不一定形成新物种，C错误；
D、如果该种群中A基因频率为0.4，a的基因频率为0.6，aa的基因型频率为0.36，A所控制性状的个体在种群中的比例是1-0.36=0.64，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因频率的变化．
考点点评： 本题的知识点是生物进化的实质，新物种形成的标志，利用哈代温伯格平衡公式进行相关计算，对于哈代温伯格平衡公式的理解应用是解题的关键．