模型的颜色完全是为了更加形象才涂上去的,与原子本身的颜色毫无关系.就物质显色原理来说,物质之所以有颜色是其原子(包括离子)外部电子排布决定的.如果外层电子吸收某种特定波长光波,那么当光照在这种物质表面时物质就会显示出与其所吸收光颜色相补的颜色.而且这种“颜色”并非平时所说的肉眼可以看到的颜色,也包括红外光、紫外光等肉眼无法看到的光谱范围.至于原子外电子到底会吸收那种波长的光波,相应知识还是比较高深的,是结构化学所讨论的范围.另外物质所显颜色也不完全由以上因素决定,与物质形态也有关,比如一整块玻璃是透明的,但打碎的玻璃就变成了白色.
甲烷模型中的碳原子是黑色的,氢原子是蓝色的,
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