解题思路：细胞核的结构：核膜（双层膜，上面有孔是蛋白质和RNA通过的地方）、核仁（与某些RNA的合成以及核糖体的形成有关）、染色质（DNA和蛋白质组成）
A、细胞核内存在易被碱性染料染成深色的物质为染色质，故A正确；
B、核仁是与核糖体形成有关的细胞核的结构，不属于细胞器，故B错误；
C、核孔是mRNA、酶等大分子物质进出细胞核的通道，但DNA不能自由通过，具有选择性，故C正确；
D、核膜是生物膜，生物膜的基本支架是磷脂双分子层，故D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 细胞核的结构和功能．
考点点评： 本题考查细胞核相关知识，意在考查学生的识记和理解能力，解题的关键核仁是细胞核的组成部分之一，不属于细胞器．